次氯酸钠溶液是强氧化剂，化学性质极不稳定，这是由ClO-的结构决定的。次氯酸根离子的价层电子对排布方式为四面体结构，氯原子以sp3杂化轨道和氧原子成键，酸根中存在着3个未成键的孤对电子。由于酸根离子价层电子对空间构型的高度不对称性和中心原子氯有较大的离子势（Z/r），导致次氯酸盐不稳定，具有较强的获得电子转化为更稳定的Cl2分子或Cl-的能力，即表现为ClO-具有较强的氧化能力。次氯酸钠溶液不稳定，保存不当容易分解。其稳定性受温度、光照、pH值和重金属离子的影响。次氯酸钠浓度越高、温度越高，浓度衰减越快。当存在铁、铜、镍和钴时。可加速次氯酸钠分解。铁的含量及时低于0.5mg/L也将使溶液浓度在几天之内降低15%，在溶液中铜的浓度不应高于1mg/L。低浓度的次氯酸钠（浓度10%），pH值=11，铁、铜镍的含量小于0.5mg/L，在21℃左右避光贮存。在使用次氯酸钠溶液消毒时，必须注意保存条件，经常分析化验其有效氯含量，以便掌握有效氯的衰减情况，确定每次的最佳送货量和送货周期，减少氯的损失。