次氯酸钠溶液在pH值低于10时会发生缩合反应生成亚氯酸盐；然而在pH值大于13时，离子浓度的增加会加速该反应的进行；因而次氯酸钠理想的存储pH范围通常为11.8-13，以维持其稳定。加入到水中的次氯酸钠会电离出次氯酸根，次氯酸根无论是在酸性环境中，还是在碱性环境中，都具有很强的氧化性，也就是说遇到还原剂时会发生还原反应而分解，但在酸性条件下其氧化性更强一些。温度和紫外光对次氯酸钠的稳定性影响很大，升高温度或光照（特别是紫外光），次氯酸钠溶液的分解速度将明显加快。次氯酸钠消毒液在水中基本不产生游离态分子氯，所以在消毒过程中一般难以发生因存在氯分子而引发的氯代化合反应，生成不利于人体健康的有毒有害物质，因此一般认为次氯酸钠消毒生成的消毒副产物要低于液氯。次氯酸钠具有和液氯相同的消毒机理，虽然其灭菌效率受pH和温度等因素的影响较大，但是由于自然水体酸碱度的缓冲，两者消毒效率基本一致。且次氯酸钠的消毒副产物通常认为略低于液氯。因此，为降低操作上和运行中的风险，以次氯酸钠替代液氯作为主要消毒药剂完全可行。生产制备次氯酸钠的设备叫作次氯酸钠发生器，通常是利用电解食盐水（或海水）制取次氯酸钠水溶液。