次氯酸钠发生器消杀最主要作用方式是通过它的水解形成次氯酸，次氯酸再进一步的分解形成新生态氧[O]，新生态氧极强氧化性使菌体和病毒上的蛋白质等物质变性，次氯酸钠发生器是从而致死病源微生物。其实，氯气消毒原理也主要是以产生出次氯酸，然后释放出的新生态氧[O]的方式。根据化学测定，PPM级浓度次氯酸钠发生器在水里几乎是完全水解成次氯酸，次氯酸钠发生器是效率高于99.99%。其次，次氯酸在杀菌、杀病毒的过程中，次氯酸钠发生器不仅是可作用于细胞壁、病毒外壳，而且是因次氯酸分子小，不带电荷，还可以渗透入菌（病毒）体内，与菌（病毒）体蛋白、核酸、和酶等的有机高分子发生氧化反应，次氯酸钠发生器从而杀死病着原微生物。同时，次氯酸产生出氯离子还能显著改变细菌和病毒体的渗透压，次氯酸钠发生器使得其细胞丧失活性而死亡。此外，次氯酸钠发生器还能够分解蔬菜、水果等农副产品上所残存的微量农药。绝大多数农药都是由有机物组成的，次氯酸钠发生器所释放出来的新态氧能氧化分解掉这些物质。次氯酸钠发生器这无疑对现代农业、果蔬包装业的发展具有重大推动作用。还有值得肯定的是，由于次氯酸钠发生器所生产的消毒液中不象氯气、二氧化氯等消毒剂在水中产生游离氯，所以一般难以形成因存在游离氯而生成不利于人体健康的致癌物质；也不象臭氧那样只要空气中存在很微弱的量（0.001mg/m3）便会对生命造成损伤和毒害；而且，还不会象氯气同水反应会最后形成盐酸那样，次氯酸钠发生器对金属管道造成严重腐蚀。