次氯酸钠消毒主要的作用方式是通过水解而形成次氯酸，次氯酸再进一步分解就会形成新生态氧，新生态氧极强的氧化性使菌体和病毒上的蛋白质等的物质发生变性，从而致死病源的微生物。其实，氯气消毒的原理主要是以产生出次氯酸为主的，之后释放出新生态氧方式。根据测定，足够浓度的次氯酸钠在水里是完全水解成为次氯酸的。　　次氯酸在杀菌和杀病毒的过程中，不仅可以作用于细胞壁、病毒外壳，且因为次氯酸分子小，不带任何电荷，还可以渗透入菌体内，与病毒体蛋白、核酸及酶等有机高分子发生氯化反应生成复杂卤化物质，从而使病原微生物失去其活性。次氯酸钠能分解蔬菜、水果等的农副产品上所残存的微量农药。因次氯酸钠相对安全、经济且消毒效果好，因此，次氯酸钠成为了制水工艺中重要的消毒材料，被人们广泛应用于各大中小的自来水厂。一些有关数据及检测显示，实际使用次氯酸钠进行制水消毒的过程中，发现夏季次氯酸钠中氯含量衰减比较快，春秋季衰减则放缓，冬季衰减缓慢这样一个基本的规律，因此，我们可推断次氯酸钠中氯含量的衰减和温度有密切的关系。为进一步找出相关依据，在实验室进行检测研究，有关具体情况如证明暴露在高温、日照环境之下，次氯酸钠有效氯含量衰减明显迅速，要减缓有效氯含量衰减，应该选择低温、避光环境下存储次氯酸钠产品。