次氯酸钠具有很强的氧化性，在杀菌、杀病毒过程中，不仅可作用于细胞壁、病毒外壳，而且因次氯酸分子小，不带电荷，还可渗透入菌（病毒）体内，与菌（病毒）体蛋白、核酸、和酶等有机高分子发生氧化反应，从而杀死病原微生物。R-NH-R HClO→R2NCl H2O同时，次氯酸产生出的氯离子还能显著改变细菌和病毒体的渗透压，使其细胞丧失活性而死亡。同时，HClO是一种不稳定的化学物，能进行分解；HClO=HCl 〔O〕K=3.210—8〔O〕我们称之为新生态氧，具有很强的氧化性，能杀死微生物。次氯酸钠在常温下为固体化合物，通常我们用来消毒的是次氯酸钠的水溶液。次氯酸钠的杀生原理与氯气的杀生原理基本相同，主要是靠与水反应产生的强氧化性的次氯酸。其反应方程如下：NaClO H2O=HClO NaOH次氯酸再分解出新生态氧，它们共同起着杀生的作用。对环境因素的影响利用氯作为杀生剂，在运行中容易发生跑、滴、漏等现象，一旦氯气泄漏将对周围环境和人身健康产生严重危害；而使用次氯酸钠作为杀生剂基本上没有这些危险。氯可与水中的有机物反应产生卤代烃，卤代烃具有很强的致癌作用；而使用次氯酸钠则没有这样的反应。因此，在越来越要求环保和健康的今天次氯酸钠更具环保优势。因此，从系统的运行和安全方面比较，投加次氯酸钠比投加纯氯更加方便简单，更加容易控制，也更加安全可靠。